“十一五”時期，圍繞推進基本公共服務均等化和主體功能區(qū)建設，財政部門不斷完善轉移支付制度，加快形成統(tǒng)一規(guī)范透明的財政轉移支付制度。
完善均衡性轉移支付辦法。按照十七大提出的“提高一般性轉移支付規(guī)模和比例，加大公共服務領域投入”的要求，結合新形勢下地區(qū)間經濟社會發(fā)展、財力變化以及均衡性轉移支付運行情況，“十一五”期間，財政部著力從細化測算方法和完善成本差異體系兩個方面，對均衡性轉移支付辦法進行了改革。改革保留了分稅種測算標準收入的框架，但細化了主要稅種的測算方法，以更精確地反映地方標準收入能力；標準支出改按轄區(qū)總人口測算，體現(xiàn)了“以人為本”的執(zhí)政理念；同時，標準支出計算單位細化到縣級，為今后直接推進基層公共服務均等化奠定基礎。地區(qū)間支出成本差異方面，充實并完善考慮因素，以更好地反映海拔、溫度等客觀因素對單位公共服務成本的影響。
此外，針對2009年企業(yè)所得稅和個人所得稅增長乏力的特殊情況，除按照2002年確定的所得稅掛鉤機制外，經請示國務院同意，額外增加了轉移支付總額，保證了金融危機背景下中央對地方支持力度不減，既體現(xiàn)了困難時期中央對地方的關懷與支持，也為下一步重構均衡性轉移支付總額確定機制創(chuàng)造了條件。
出臺重點生態(tài)功能區(qū)轉移支付政策。按照十七大關于“圍繞推進基本公共服務均等化和主體功能區(qū)建設，加快形成統(tǒng)一規(guī)范透明的財政轉移支付制度”的精神，在國家級主體功能區(qū)規(guī)劃尚未出臺的背景下，考慮到青海三江源等國家級重點生態(tài)保護區(qū)的生態(tài)補償機制亟待建立，從公共服務均等化和國家生態(tài)安全大局出發(fā)，為加快民生工程和生態(tài)環(huán)境建設，在慎重研究并請示國務院批準后，財政部從2008年起，開始實施重點生態(tài)功能區(qū)轉移支付。具體辦法是，采取加計生態(tài)保護等支出和提高補助系數(shù)的方法，增加對三江源等重點生態(tài)功能區(qū)的均衡性轉移支付力度，提高生態(tài)功能區(qū)的基本公共服務水平，推進重點生態(tài)功能區(qū)的生態(tài)保護和恢復工作。為優(yōu)化資金分配辦法，提高資金使用效益，以鼓勵有關地區(qū)開展生態(tài)保護和建設為目標，2009年財政部與有關部門和單位配合，研究完善了轉移支付辦法，著力研究建立資金分配與使用績效的監(jiān)控及評價體系。實施一段時間以來，各方普遍認為該轉移支付非常及時，對校正利益外溢，建立生態(tài)屏障保護的長效機制，推動有關地區(qū)實現(xiàn)科學發(fā)展具有十分重要的意義。
調整民族地區(qū)轉移支付政策。隨著基礎數(shù)據(jù)的逐步細化和測算方法的逐步完善，為了貫徹《民族區(qū)域自治法》，體現(xiàn)中央對民族地區(qū)的關懷，促進民族自治地方經濟社會和諧發(fā)展，經請示國務院批準，2006年中央財政將民族省區(qū)和民族自治州以外的44個民族自治縣全部納入了轉移支付范圍，實現(xiàn)了對所有民族地區(qū)的全覆蓋。針對以往轉移支付年度間規(guī)模波動較大等問題，在調查研究并充分征求民族地區(qū)意見的基礎上，圍繞提高轉移支付規(guī)模的穩(wěn)定性和可預見性，財政部還研究提出了完善民族地區(qū)轉移支付總額確定機制的方案。目前，方案已經國務院批準，并于2010年實施。按照新方案，中央財政將按照上一年度下達的民族地區(qū)轉移支付額，根據(jù)前三年全國國內增值稅收入平均增長率，確定當年民族地區(qū)轉移支付總額。此外，為進一步提高轉移支付資金分配的有效性與合理性，還按照科學發(fā)展觀的要求，對民族地區(qū)轉移支付資金分配辦法進行了完善。
設立資源枯竭城市轉移支付。按照《國務院關于促進資源型城市可持續(xù)發(fā)展的若干意見》精神，經國務院批準，2007年起中央財政設立資源枯竭城市財力性轉移支付，支持資源枯竭城市化解社會管理和公共服務等領域的歷史欠賬，促進可持續(xù)發(fā)展。為了提高轉移支付資金使用效益，完善轉移支付辦法，財政部采用調研和座談等方式，聽取地方的意見，研究提出完善轉移支付辦法的方案建議。自2008年起，為增強縣（市、區(qū)）財政保障能力，設立并逐年適當增加其固定數(shù)額補助；自2009年起，引入激勵機制，對省級政府配套資金給予獎勵，鼓勵有關省級政府增加對轄區(qū)內資源枯竭城市的支持。目前，44個資源枯竭城市（19個地級市、18個縣或縣級市、7個市轄區(qū)）享受此項轉移支付，中央財政累計下達轉移支付資金168.13億元。其中，2007年8.32億元，2008年34.81億元，2009年50億元，2010年75億元。該項轉移支付資金增幅相對較大，充分體現(xiàn)了中央財政對經濟轉型工作的重視和對資源枯竭城市的照顧。
