自2005年農(nóng)藥登記許可實行綜合辦公以來，農(nóng)業(yè)部辦公廳、種植業(yè)司、部農(nóng)藥檢定所等單位密切配合，協(xié)調(diào)一致，著力健全制度機制，優(yōu)化審批程序，創(chuàng)新管理方式，加大公開力度，完善服務手段，農(nóng)藥登記管理工作不斷取得新成效。
農(nóng)藥登記許可工作在嚴格遵循有關法律法規(guī)基礎上，先后制定出臺了《農(nóng)藥登記審批工作管理辦法》、《農(nóng)藥登記評審責任追究規(guī)定》、《農(nóng)藥登記審查技術規(guī)范》、《農(nóng)藥登記資料管理辦法》等一系列制度規(guī)范，并實行嚴格的受理、評審、審批“三權分立”制度，形成了相互監(jiān)督、相互制約的審批機制，極大地提高了審批工作的科學化、規(guī)范化水平。
在堅持“科學評審，民主決策”的原則下，農(nóng)藥登記許可建立了地方農(nóng)業(yè)主管部門初審、農(nóng)業(yè)部綜合辦公大廳統(tǒng)一受理、農(nóng)業(yè)部農(nóng)藥檢定所技術檢驗、專家評審委員會集體審評、種植業(yè)司依法審批等各自獨立、相互監(jiān)督的審批機制。同時將技術評審工作具體細化為24個環(huán)節(jié)，并根據(jù)其工作量合理確定評審時限。
為切實解決農(nóng)藥商品名稱混亂、臨時登記產(chǎn)品多、登記門檻較低等問題，2007年出臺了農(nóng)藥管理六項規(guī)定，進一步嚴格農(nóng)藥登記審查，規(guī)范農(nóng)藥標簽管理，取消農(nóng)藥商品名稱，提高市場準入門檻。經(jīng)過三年的實施，臨時登記和分裝登記逐漸減少，正式登記大幅增加；高毒農(nóng)藥所占比重顯著下降，低毒、微毒農(nóng)藥產(chǎn)品比例明顯提高；農(nóng)藥產(chǎn)品淘汰機制進一步完善，高風險農(nóng)藥品種逐漸退出或被限制使用；“一藥多名”和標簽不規(guī)范問題基本解決，農(nóng)藥產(chǎn)品質量明顯提高。
加大農(nóng)藥登記信息公開力度，建立農(nóng)藥登記電子審批平臺和農(nóng)藥綜合查詢系統(tǒng)，幫助農(nóng)藥管理、生產(chǎn)、經(jīng)銷及使用者通過21種查詢方式，及時便捷地查詢到各類農(nóng)藥登記管理信息，不僅使企業(yè)實時了解審批結果，同時幫助農(nóng)技人員和農(nóng)民及時了解農(nóng)藥的相關知識，提高科學用藥水平，實現(xiàn)了管理部門與企業(yè)間無障礙溝通。
在充分調(diào)研、廣泛征求意見的基礎上，研究制定了《農(nóng)藥田間試驗網(wǎng)上審批工作規(guī)范》，設計開發(fā)了農(nóng)藥田間試驗網(wǎng)上審批系統(tǒng)，初步實現(xiàn)了農(nóng)藥登記從申報、受理、辦理到辦結的全程網(wǎng)上運轉和動態(tài)管理。目前，試點省份已由江蘇擴大到上海、江蘇、浙江、安徽、江西、山東等6個省市，審批時間縮短了1/3以上，受到了廣大農(nóng)藥企業(yè)的熱烈歡迎和充分肯定。
