從２００４年開始，內蒙古自治區(qū)開展農牧區(qū)新型合作醫(yī)療試點。至今年，試點旗縣（市、區(qū)）已擴大到３９個 部分盟市還進行了本地區(qū)試點，全區(qū)共有５４４.８１萬農牧民參加合作醫(yī)療，超過全區(qū)農牧民人口的５０％。在３９個試點旗縣，農牧民參合率８２.１９％，高出全國平均水平。
內蒙古農牧民人均純收入低于全國平均水平。醫(yī)療費用對農牧民來說是一項大的開支，不少農牧民因病致貧、因病返貧。２００４年和２００５年，內蒙古試點旗縣為農牧民報銷醫(yī)療費的起付線在３００至１０００元之間，封頂線４０００至８０００元之間。今年，各地區(qū)重新測算調整了實施方案，將起付線降低到１００至３００元，封頂線提高到１萬至２.５萬元，分段報銷比例也普遍提高５個百分點以上。
從今年開始，自治區(qū)對參合農牧民補助的標準由每年人均１０元增加到２０元，各級政府補助和個人繳費基金達２.７２億元。為增加合作醫(yī)療基金總量，自治區(qū)財政每年給６萬人口以下的牧區(qū)旗縣參合農牧民每人增加補助５元，鄂爾多斯市、阿拉善盟為參合農牧民多補助１０元。記者近日在準格爾旗了解到，這個旗為每個參合農牧民增加補助達２３元。今年上半年，內蒙古各地為農牧民補償醫(yī)療費用５０００余萬元，參合農牧民住院報銷的金額占住院醫(yī)療費的比重由２００４年的２６%提高到３２%。
為方便群眾，內蒙古農牧區(qū)合作醫(yī)療采取“一證通”方式，參合農牧民可持證在本旗縣自主選擇定點醫(yī)療機構。定點醫(yī)療機構開設合作醫(yī)療報銷窗口，簡化程序，農牧民就診或住院后即可當場報銷。各地區(qū)還把建立合作醫(yī)療制度與推進農村牧區(qū)衛(wèi)生服務體系建設相結合，統(tǒng)籌規(guī)劃并調整衛(wèi)生院布局，加強衛(wèi)生院設備配置和人員培訓，嚴格控制醫(yī)療收費標準，提高醫(yī)療服務質量。
