2006年，中央和地方都將擴大國庫集中支付改革放在重要位置，加大工作力度，深化改革的預(yù)算級次，擴大改革的實施范圍，鞏固改革成果。大多數(shù)中央部門已將改革實施到所有基層預(yù)算單位，預(yù)算級次較多、情況復(fù)雜的部門，在2005年改革的基礎(chǔ)上，向下級預(yù)算單位延伸，大幅度增加了改革單位數(shù)量。截至2006年底，中央各部門及所屬6100多個基層預(yù)算單位實施了國庫集中支付改革，實施改革的預(yù)算資金為4600多億元。同時，將150多個實行代編預(yù)算管理的中央企業(yè)納入國庫集中支付改革范圍。研究并推進中央級行政單位離退休經(jīng)費、代建制單位實行國庫集中支付改革，進一步擴大了改革的資金范圍。2006年財政部還將農(nóng)村義務(wù)教育中央專項資金納入國庫集中支付管理，在中央補助地方專項資金支付管理方面取得了重大突破，為下一步全面加強專項資金管理奠定了基礎(chǔ)。
2006年地方國庫集中支付制度改革進度明顯加快。省本級在全面推行改革的基礎(chǔ)上，積極將改革向基層預(yù)算單位推進，并進一步擴大改革的資金范圍，將政府性基金、預(yù)算外資金納入改革范圍；地市級按照改革方案的規(guī)范化要求，全面推行國庫集中支付改革；縣級改革積極穩(wěn)妥向前推進，結(jié)合縣級管理特點，推行了適合當(dāng)?shù)厍闆r的改革；湖北、江蘇、河南等省將改革延伸到鄉(xiāng)鎮(zhèn)。全國36個省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市本級，270多個地市，1000多個縣（區(qū)），超過16萬個基層預(yù)算單位實施了國庫集中支付改革。
