2003年以來(lái)，財(cái)政監(jiān)督和專(zhuān)員辦工作以鄧小平理論和“三個(gè)代表”重要思想為指導(dǎo)，認(rèn)真貫徹落實(shí)部黨組提出的“一、二、三、四”財(cái)政工作思路，緊緊圍繞促進(jìn)財(cái)政管理和深化財(cái)政改革這一中心，著力構(gòu)建全方位財(cái)政監(jiān)督長(zhǎng)效機(jī)制，不斷搞好日常性財(cái)政監(jiān)管，深入開(kāi)展中央財(cái)政收支、金融、會(huì)計(jì)和財(cái)政部門(mén)內(nèi)部監(jiān)督，強(qiáng)化財(cái)政資金的規(guī)范、安全和有效性監(jiān)督,在維護(hù)國(guó)家財(cái)稅法令的統(tǒng)一，查處嚴(yán)重違規(guī)違紀(jì)問(wèn)題，整頓和規(guī)范市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)秩序，規(guī)范財(cái)政監(jiān)督行為，保障財(cái)政正常運(yùn)行和宏觀調(diào)控措施的順利實(shí)施等方面做了大量工作，發(fā)揮了重大作用，取得了明顯成效。
一方面，堅(jiān)持加強(qiáng)財(cái)政監(jiān)督與規(guī)范財(cái)政業(yè)務(wù)管理、深化財(cái)政改革相結(jié)合，不斷調(diào)整完善財(cái)政監(jiān)管工作方式方法，強(qiáng)化對(duì)預(yù)算執(zhí)行全過(guò)程的監(jiān)督與追蹤問(wèn)效，進(jìn)一步加大了事前審核、事中監(jiān)控的工作力度，有效地促進(jìn)了各項(xiàng)政策與改革的實(shí)施。一是積極服務(wù)財(cái)政國(guó)庫(kù)管理制度改革，陸續(xù)承擔(dān)糧庫(kù)建設(shè)資金、車(chē)購(gòu)稅交通專(zhuān)項(xiàng)資金以及部分中央部門(mén)財(cái)政直接支（撥）付資金的初審工作；二是參與預(yù)算單位銀行賬戶管理；三是參與“三會(huì)”派出機(jī)構(gòu)、海關(guān)、出入境檢驗(yàn)檢疫局部分分支機(jī)構(gòu)等部門(mén)預(yù)算編制等日常監(jiān)管工作；四是參與部分專(zhuān)項(xiàng)資金的審核工作。據(jù)統(tǒng)計(jì)，2003年到2006年，監(jiān)督檢查局組織全國(guó)專(zhuān)員辦共參與審核各類(lèi)申報(bào)資金10308億元，審核剔除不合規(guī)申報(bào)資金526億元；征收、監(jiān)繳中央非稅收入1281億元。
另一方面，緊緊圍繞財(cái)政中心工作，不斷加強(qiáng)對(duì)重大財(cái)政宏觀調(diào)控政策執(zhí)行情況的監(jiān)督檢查，重點(diǎn)關(guān)注涉及人民群眾切身利益的“三農(nóng)”、社保等重大支出使用情況，積極開(kāi)展中央財(cái)政收支、金融、會(huì)計(jì)和財(cái)政部門(mén)內(nèi)部監(jiān)督，充分發(fā)揮財(cái)政監(jiān)督在保障財(cái)政正常運(yùn)行和宏觀調(diào)控措施的順利實(shí)施、整頓和規(guī)范財(cái)經(jīng)秩序等方面的作用。據(jù)統(tǒng)計(jì)，2003年到2006年，監(jiān)督檢查局組織全國(guó)專(zhuān)員辦共查處各類(lèi)有問(wèn)題金額3332.84億元，向有關(guān)部門(mén)提出處理建議771件，其中665人受到黨紀(jì)政紀(jì)處分，14人被移送司法機(jī)關(guān)立案處理，114名注冊(cè)會(huì)計(jì)師受到行政處罰，37戶會(huì)計(jì)師事務(wù)所受到行政處罰。同時(shí)，結(jié)合監(jiān)督工作加強(qiáng)調(diào)查研究，提出了大量的改進(jìn)管理的意見(jiàn)和建議，有效地促進(jìn)了財(cái)政管理水平的不斷提高。
經(jīng)過(guò)幾年的努力，初步建立了事前審核、事中監(jiān)控與事后檢查相結(jié)合；內(nèi)外監(jiān)督相結(jié)合；實(shí)時(shí)監(jiān)控、綜合檢查、跟蹤反饋相結(jié)合的全方位財(cái)政監(jiān)督長(zhǎng)效機(jī)制，一個(gè)適應(yīng)中國(guó)國(guó)情的財(cái)政監(jiān)督體系正在逐步形成，并向規(guī)范化、制度化方向邁進(jìn)。
