南水北調(diào)工程建設(shè)管理體制的總體框架分為政府行政監(jiān)管、工程建設(shè)管理和決策咨詢?nèi)齻€層面。
政府行政監(jiān)管層面：國務(wù)院南水北調(diào)工程建設(shè)委員會，作為工程建設(shè)高層次的決策機構(gòu)，決定南水北調(diào)工程建設(shè)的重大方針、政策、措施和其他重大問題。國務(wù)院南水北調(diào)辦公室作為建設(shè)委員會的辦事機構(gòu)，負(fù)責(zé)研究提出南水北調(diào)工程建設(shè)的有關(guān)政策和管理辦法，起草有關(guān)法規(guī)草案；協(xié)調(diào)國務(wù)院有關(guān)部門加強節(jié)水、治污和生態(tài)環(huán)境保護；對南水北調(diào)主體工程建設(shè)實施政府行政管理。
工程沿線各省、直轄市成立南水北調(diào)工程建設(shè)領(lǐng)導(dǎo)小組，下設(shè)辦事機構(gòu)，貫徹落實國家有關(guān)南水北調(diào)工程建設(shè)的法律、法規(guī)、政策、措施和決定；負(fù)責(zé)組織協(xié)調(diào)征地拆遷、移民安置；參與協(xié)調(diào)省、自治區(qū)、直轄市有關(guān)部門實施節(jié)水治污及生態(tài)環(huán)境保護工作，檢查監(jiān)督治污工程建設(shè)；受國務(wù)院南水北調(diào)辦委托，對委托由地方南水北調(diào)建設(shè)管理機構(gòu)管理的主體工程實施部分政府管理職責(zé)，負(fù)責(zé)地方配套工程建設(shè)的組織協(xié)調(diào)，研究制定配套工程建設(shè)管理辦法。
工程建設(shè)管理層面：南水北調(diào)工程建設(shè)組織以南水北調(diào)工程項目法人為主導(dǎo)，包括承擔(dān)南水北調(diào)工程項目管理、勘測設(shè)計、監(jiān)理、施工、咨詢等建設(shè)業(yè)務(wù)單位的合同管理及相互之間的協(xié)調(diào)和聯(lián)系。
南水北調(diào)工程項目法人是工程建設(shè)和運營的責(zé)任主體。建設(shè)期間，主體工程的項目法人對主體工程建設(shè)的質(zhì)量、安全、進度、籌資和資金使用負(fù)總責(zé)；負(fù)責(zé)組織編制單項工程初步設(shè)計；協(xié)調(diào)工程建設(shè)的外部關(guān)系。
承擔(dān)南水北調(diào)工程項目管理、勘測(包括勘察和測繪)設(shè)計、監(jiān)理、施工等業(yè)務(wù)的單位，通過競爭方式擇優(yōu)選用，實行合同管理。
決策咨詢層面：成立南水北調(diào)工程建設(shè)委員會專家委員會。主要任務(wù)是對南水北調(diào)工程建設(shè)中的重大技術(shù)、經(jīng)濟、管理及質(zhì)量等問題進行咨詢；對南水北調(diào)工程建設(shè)中的工程建設(shè)、生態(tài)環(huán)境、移民工作的質(zhì)量進行檢查、評價和指導(dǎo)；有針對性地開展重大專題的調(diào)查研究活動。（南水北調(diào)辦提供）
