增值稅作為我國主體稅種，稅收收入約占全部稅收的50%，加強(qiáng)增值稅的征收管理意義重大。近年來，各級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)以進(jìn)一步完善“一窗式”管理為龍頭，加強(qiáng)農(nóng)副產(chǎn)品收購發(fā)票、廢舊物資收購發(fā)票、貨物運(yùn)輸發(fā)票、海關(guān)代征增值稅專用繳款書及稅務(wù)機(jī)關(guān)為小規(guī)模納稅人代開增值稅專用發(fā)票的管理，推動(dòng)增值稅管理水平再上新臺(tái)階。
以完善“一窗式”管理為龍頭，全面提高增值稅管理水平?！耙淮笆健惫芾砟Ｊ?，就是稅務(wù)機(jī)關(guān)以信息化為依托，通過優(yōu)化整合現(xiàn)有征管信息資源，統(tǒng)一在辦稅大廳的申報(bào)征收窗口，受理增值稅一般納稅人納稅申報(bào)（包括受理增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)認(rèn)證、納稅申報(bào)和IC卡報(bào)稅）和稅款征收，進(jìn)行票表稅比對(duì)、比對(duì)結(jié)果處理等工作。
從2003年7月開始，全國5213個(gè)辦稅大廳按照總局的統(tǒng)一要求全面推行了增值稅申報(bào)納稅 “一窗式”管理模式，增值稅申報(bào)納稅各環(huán)節(jié)工作銜接順暢，征收窗口一窗式票表比對(duì)工作進(jìn)展順利，成效顯著。據(jù)統(tǒng)計(jì)，僅從2003年8月征期至12月征期，在征收窗口通過增值稅票表比對(duì)發(fā)現(xiàn)異常補(bǔ)繳的稅款就有約44.5億元。2004年各地實(shí)現(xiàn)了“一窗一人一機(jī)”模式，同時(shí)將農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票、廢舊物資收購發(fā)票、貨物運(yùn)輸發(fā)票、海關(guān)代征增值稅專用繳款書等非增值稅專用發(fā)票抵扣憑證納入“一窗式”票表比對(duì)范圍。2005年，總局在總結(jié)各地實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)的基礎(chǔ)上，制定了規(guī)范統(tǒng)一的《增值稅一般納稅人納稅申報(bào)“一窗式”管理操作規(guī)程》，為配合稅控收款機(jī)和一機(jī)多票等工作，擬將普通發(fā)票納入“一窗式”票表比對(duì)，并即將對(duì)增值稅小規(guī)模納稅人申報(bào)納稅實(shí)行“一窗式”管理。
在推行增值稅納稅申報(bào)“一窗式”管理的過程中，稅務(wù)機(jī)關(guān)信息資源得以共享，稅務(wù)機(jī)構(gòu)設(shè)置更加規(guī)范，國、地稅局協(xié)作進(jìn)一步加強(qiáng)，納稅人稅法遵從度有所提高，科學(xué)的現(xiàn)代稅收管理理念得以進(jìn)一步體現(xiàn)，形成了“以票控稅、網(wǎng)絡(luò)比對(duì)、稅源監(jiān)控，綜合管理”的增值稅征管體系。
強(qiáng)化“四小票”及稅務(wù)機(jī)關(guān)為小規(guī)模納稅人代開增值稅專用發(fā)票的監(jiān)控，提高對(duì)抵扣憑證的管理水平。隨著增值稅專用發(fā)票管理的不斷加強(qiáng)，涉稅違法犯罪分子把犯罪的“黑手”伸向“四小票”。為進(jìn)一步加強(qiáng)對(duì)“四小票”等抵扣憑證的管理，堵塞稅收漏洞，總局采取了一系列措施，加強(qiáng)“四小票”管理。
一是將海關(guān)代征增值稅專用繳款書納入稅控管理。為保障數(shù)據(jù)的完整性和準(zhǔn)確性，2005年建立了稅務(wù)總局與海關(guān)系統(tǒng)數(shù)據(jù)的對(duì)賬機(jī)制?？偩诌€制定了《進(jìn)口增值稅扣稅憑證開具及稽核業(yè)務(wù)需求》，以盡早實(shí)現(xiàn)進(jìn)口增值稅扣稅憑證的電子采集，提高稽核比對(duì)相符率。二是將廢舊物資收購發(fā)票納入稅控管理，以全面實(shí)現(xiàn)稅控管理和電子信息采集。三是在全國范圍內(nèi)統(tǒng)一了貨物運(yùn)輸發(fā)票，并準(zhǔn)備將貨物運(yùn)輸發(fā)票納入稅控管理。同時(shí)，積極開展貨物運(yùn)輸發(fā)票審核檢查工作。針對(duì)部分地區(qū)未按規(guī)定對(duì)比對(duì)異常貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票進(jìn)行審核檢查的情況，研究制定了《國家稅務(wù)總局關(guān)于進(jìn)一步加強(qiáng)貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票審核檢查工作的通知》，對(duì)2005年比對(duì)異常的貨物運(yùn)輸發(fā)票，集中時(shí)間、集中力量進(jìn)行審核檢查。針對(duì)貨運(yùn)發(fā)票只比對(duì)發(fā)票號(hào)碼、未比對(duì)發(fā)票代碼，造成重號(hào)發(fā)票較多的問題，總局對(duì)貨運(yùn)發(fā)票采集比對(duì)軟件進(jìn)行升級(jí)，將貨物運(yùn)輸發(fā)票代碼和發(fā)票號(hào)碼均納入比對(duì)，降低了貨物運(yùn)輸發(fā)票比對(duì)不符重號(hào)票的比率。此外，針對(duì)聯(lián)運(yùn)發(fā)票信息未納入貨物運(yùn)輸發(fā)票信息比對(duì)管理的情況，及時(shí)對(duì)此項(xiàng)業(yè)務(wù)進(jìn)行了改革，有效完善了增值稅抵扣管理。2005年1-10月份，全國交通運(yùn)輸業(yè)營(yíng)業(yè)稅收入312.9億元，比上年同期增長(zhǎng)20.8%。四是稅務(wù)機(jī)關(guān)為小規(guī)模納稅人代開增值稅專用發(fā)票。從2005年1月起，將稅務(wù)機(jī)關(guān)代開增值稅專用發(fā)票統(tǒng)一納入防偽稅控系統(tǒng)管理，全面實(shí)現(xiàn)了代開專用發(fā)票的稅控管理和電子信息采集，稽核比對(duì)相符率保持在99.9%。
加強(qiáng)對(duì)異常增值稅抵扣憑證的審核檢查。對(duì)稽核比對(duì)異常的增值稅抵扣憑證審核檢查工作是稅務(wù)機(jī)關(guān)日常工作的重點(diǎn)之一。為加強(qiáng)對(duì)稽核比對(duì)異常的其他抵扣憑證的審核檢查工作，總局先后下發(fā)了《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅專用發(fā)票和其他抵扣憑證審核檢查有關(guān)問題的通知》、《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅專用發(fā)票和其他抵扣憑證開展審核檢查的通知》、《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅專用發(fā)票和其他抵扣憑證審核檢查有關(guān)問題的補(bǔ)充通知》，進(jìn)一步完善了增值稅其他抵扣憑證審核檢查。各級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)采取措施，每票必查，對(duì)異常增值稅抵扣憑證查深、查細(xì)，并同納稅人的有關(guān)購銷合同、賬務(wù)處理、資金往來、入庫實(shí)物等結(jié)合起來進(jìn)行核查，查清原因，同時(shí)找出工作中的不足和漏洞，提高了稅收管理水平，取得了較好的效果。
截至2005年9月底，國稅機(jī)關(guān)其他抵扣憑證審核檢查累計(jì)完成740.41萬份，其中完成審核檢查稅務(wù)機(jī)關(guān)為小規(guī)模納稅人代開增值稅專用發(fā)票94.03萬份，完成廢舊物資發(fā)票244.79萬份，完成海關(guān)代征進(jìn)口增值稅專用繳款書126.92萬份，完成貨物運(yùn)輸發(fā)票274.67萬份。累計(jì)查補(bǔ)稅款5.9億元，滯納金362萬元，罰款1664萬元，移交稽查立案查處發(fā)票28254份。
