１９８８年——“轉變政府職能是機構改革的關鍵”
在１９８２年機構改革后，由于沒有觸動高度集中的計劃經濟管理體制，沒有實現政府職能的轉變等原因，政府機構不久又呈膨脹趨勢。因此國務院決定再次進行機構改革。
１９８８年４月９日，七屆全國人大一次會議通過了國務院機構改革方案，啟動了新一輪的機構改革。
這次改革著重于大力推進政府職能的轉變。政府的經濟管理部門要從直接管理為主轉變?yōu)殚g接管理為主，強化宏觀管理職能，淡化微觀管理職能。其內容主要是合理配置職能，科學劃分職責分工，調整機構設置，轉變職能，改變工作方式，提高行政效率，完善運行機制，加速行政立法。改革的重點是那些與經濟體制改革關系密切的經濟管理部門。改革采取了自上而下，先中央政府后地方政府，分步實施的方式進行。
通過改革，國務院部委由原有的４５個減為４１個（包括：外交部、國防部、國家計劃委員會、國家經濟體制改革委員會、國家教育委員會、國家科學技術委員會、國防科學技術工業(yè)委員會、國家民族事務委員會、公安部、國家安全部、監(jiān)察部、民政部、司法部、財政部、人事部、勞動部、地質礦產部、建設部、能源部、鐵道部、交通部、機械電子工業(yè)部、航空航天工業(yè)部、冶金工業(yè)部、化學工業(yè)部、輕工業(yè)部、紡織工業(yè)部、郵電部、水利部、農業(yè)部、林業(yè)部、商業(yè)部、對外經濟貿易部、物資部、文化部、廣播電影電視部、衛(wèi)生部、國家體育運動委員會、國家計劃生育委員會、中國人民銀行、審計署）；直屬機構從２２個減為１９個，非常設機構從７５個減到４４個，部委內司局機構減少２０％。在國務院６６個部、委、局中，有３２個部門共減少１．５萬多人，有３０個部門共增加５３００人，增減相抵，機構改革后的國務院人員編制比原來減少了９７００多人。但是，由于經濟過熱，這次精簡的機構很快又膨脹起來了。
這是一次弱化專業(yè)經濟部門分錢、分物、直接干預企業(yè)經營活動的職能，以達到增強政府宏觀調控能力和轉向行業(yè)管理目的的改革。此次改革是在推動政治體制改革，深化經濟體制改革的大背景下出現的，其歷史性的貢獻是首次提出了“轉變政府職能是機構改革的關鍵”這一命題。政府的經濟管理部門要從直接管理為主轉變?yōu)殚g接管理為主，強化宏觀管理職能，淡化微觀管理職能。其內容主要是合理配置職能，科學劃分職責分工，調整機構設置，轉變職能，改變工作方式，提高行政效率，完善運行機制，加速行政立法。改革的重點是那些與經濟體制改革關系密切的經濟管理部門。改革采取了自上而下，先中央政府后地方政府，分步實施的方式進行。由于后來一系列復雜的政治經濟原因，這一命題在實踐中沒有及時“破題”；再加上治理、整頓工作的需要，原定于１９８９年開展的地方機構改革暫緩進行。
國務院在調整和減少工業(yè)專業(yè)經濟管理部門方面取得了進展。如，撤消國家計委和國家經委，組建新的國家計委；撤消煤炭工業(yè)部、石油工業(yè)部、核工業(yè)部，組建能源部；撤消國家機械工業(yè)委員會和電子工業(yè)部，成立機械電子工業(yè)部；撤消勞動人事部，建立國家人事部，組建勞動部；撤消國家物資局，組建物資部；撤消城鄉(xiāng)建設環(huán)境保護部，組建建設部；撤消航空工業(yè)部、航天工業(yè)部，組建航空航天工業(yè)部；撤消水利電力部，組建水利部；撤消隸屬于原國家經委的國家計量局和國家標準局以及原國家經委質量局，設立國家技術監(jiān)督局。
