根據(jù)《國務(wù)院辦公廳關(guān)于印發(fā)農(nóng)業(yè)部職能配置內(nèi)設(shè)機構(gòu)和人員編制規(guī)定的通知》（國辦發(fā)〔1998〕88號）精神和《農(nóng)業(yè)部關(guān)于調(diào)整部屬畜牧獸醫(yī)單位機構(gòu)編制的決定》（農(nóng)人發(fā)〔2006〕3號），農(nóng)業(yè)部于2006年4月5日批復(fù)了中國動物疫病預(yù)防控制中心主要職責(zé)、內(nèi)設(shè)機構(gòu)和人員編制。
中國動物疫病預(yù)防控制中心的主要職責(zé)是：協(xié)助獸醫(yī)行政主管部門擬定有關(guān)法律、法規(guī)和政策建議；協(xié)助開展重大動物衛(wèi)生違法案件的調(diào)查。研究提出重大動物疫?。òㄈ诵蠊不疾。╊A(yù)防控制規(guī)劃、撲滅計劃、應(yīng)急預(yù)案建議，指導(dǎo)、監(jiān)督重大動物疫病預(yù)防、控制和撲滅工作，指導(dǎo)人畜共患病防治工作。研究提出動物疫病防治技術(shù)規(guī)范建議，經(jīng)批準(zhǔn)后組織實施。負(fù)責(zé)全國動物疫情收集、匯總、分析及重大動物疫情預(yù)報預(yù)警工作；指導(dǎo)全國動物疫情監(jiān)測體系建設(shè)；組織實施動物疫病監(jiān)測工作，指導(dǎo)國家級動物疫情測報站和邊境動物疫情監(jiān)測站的業(yè)務(wù)工作。負(fù)責(zé)國家動物防疫網(wǎng)絡(luò)信息系統(tǒng)、網(wǎng)絡(luò)溯源及應(yīng)急指揮平臺的建立及管理。承擔(dān)全國動物衛(wèi)生監(jiān)督的業(yè)務(wù)指導(dǎo)工作，組織實施動物及動物產(chǎn)品檢疫。承擔(dān)全國高致病性動物病原微生物實驗室資格認(rèn)定及相關(guān)活動的技術(shù)、條件審核等有關(guān)工作。承擔(dān)全國動物病原微生物實驗室生物安全監(jiān)督檢查工作；協(xié)調(diào)各級診斷實驗室的疫情診斷工作。承擔(dān)動物及動物源性產(chǎn)品質(zhì)量安全檢測及其有關(guān)標(biāo)準(zhǔn)、標(biāo)物研制工作；承擔(dān)動物標(biāo)識管理、動物和動物產(chǎn)品溯源工作。承擔(dān)動物診療機構(gòu)和執(zhí)業(yè)獸醫(yī)的相關(guān)工作；承擔(dān)獸醫(yī)執(zhí)法人員的培訓(xùn)工作。負(fù)責(zé)獸醫(yī)行業(yè)職業(yè)技能鑒定工作。組織開展動物防疫技術(shù)研究、國際交流與合作等。
中國動物疫病預(yù)防控制中心業(yè)務(wù)歸口獸醫(yī)局管理，機構(gòu)規(guī)格為正局級。財政補助事業(yè)編制136名。局級領(lǐng)導(dǎo)職數(shù)5名。下設(shè)防控應(yīng)急處、獸醫(yī)公共衛(wèi)生處、疫情監(jiān)測處、動物衛(wèi)生監(jiān)督指導(dǎo)處、實驗室生物安全管理處、動物產(chǎn)品安全檢測室、獸醫(yī)診斷室等12個業(yè)務(wù)處室和管理部門。
日前，中國動物疫病預(yù)防控制中心召開了第一次職工大會。根據(jù)首批進入疫控中心人員的情況，調(diào)配了各部門工作人員，部署了工作。
