2004年，中央作出深化農(nóng)村稅費改革的重大決定，圍繞確保糧食安全和農(nóng)民增收兩大主題，提出“五年內(nèi)取消農(nóng)業(yè)稅”的目標，并決定2004年取消除煙葉外的農(nóng)業(yè)特產(chǎn)稅，在黑龍江、吉林兩省開展免征農(nóng)業(yè)稅試點，其它省份降低農(nóng)業(yè)稅稅率。當(dāng)年，除黑龍江、吉林兩省外，還有上海、北京、天津、浙江、福建、西藏6個省份和其他省份的274個縣（市）也自主免征或基本免征農(nóng)業(yè)稅；河北、內(nèi)蒙古、遼寧、江蘇、安徽、江西、河南、湖北、湖南、廣東、四川11個糧食主產(chǎn)省份的農(nóng)業(yè)稅稅率降低3個百分點；其余省份農(nóng)業(yè)稅稅率降低1個百分點。據(jù)統(tǒng)計，2004年取消除煙葉外特產(chǎn)稅減輕農(nóng)民負擔(dān)68億元，實施減免農(nóng)業(yè)稅政策減輕農(nóng)民負擔(dān)234億元。其中，免征地區(qū)受益農(nóng)民1.5億人，人均減負約46元。
2005年，中央繼續(xù)大范圍、大幅度減免農(nóng)業(yè)稅，在國家扶貧開發(fā)重點縣實行免征農(nóng)業(yè)稅試點，其他地區(qū)進一步降低農(nóng)業(yè)稅稅率，免征牧業(yè)稅,并明確2006年將在全國全面免征農(nóng)業(yè)稅，原定5年內(nèi)取消農(nóng)業(yè)稅的目標可以提前2年實現(xiàn)。根據(jù)中央政策精神，各地加快免征農(nóng)業(yè)稅步伐，2005年共有山西、內(nèi)蒙古、遼寧、江蘇、安徽、江西、湖南、湖北、河南、廣東、廣西、海南、重慶、四川、貴州、陜西、甘肅、青海、寧夏、新疆20個省份自主決定免征農(nóng)業(yè)稅，使免征農(nóng)業(yè)稅的省份達到了28個，仍保留農(nóng)業(yè)稅的河北、山東、云南3省也有216個縣免征農(nóng)業(yè)稅，享受免征農(nóng)業(yè)稅的農(nóng)民達到8億以上。據(jù)統(tǒng)計，2005年減免農(nóng)業(yè)稅進一步減輕了農(nóng)民負擔(dān)220億元，其中地方自主擴大免征范圍部分約63億元，目前在河北、山東、云南3省保留的農(nóng)業(yè)稅僅有15億元左右，總體稅率約為2%。
