１９９８年——消除政企不分的組織基礎(chǔ)
１９９８年３月１０日，九屆全國人大一次會議審議通過了《關(guān)于國務(wù)院機構(gòu)改革方案的決定》。改革的目標(biāo)是：建立辦事高效、運轉(zhuǎn)協(xié)調(diào)、行為規(guī)范的政府行政管理體系，完善國家公務(wù)員制度，建設(shè)高素質(zhì)的專業(yè)化行政管理隊伍，逐步建立適應(yīng)社會主義市場經(jīng)濟體制的有中國特色的政府行政管理體制。
改革的原則是：按照社會主義市場經(jīng)濟的要求，轉(zhuǎn)變政府職能，實現(xiàn)政企分開；按照精簡、統(tǒng)一、效能的原則，調(diào)整政府組織結(jié)構(gòu)，實行精兵簡政；按照權(quán)責(zé)一致的原則，調(diào)整政府部門的職責(zé)權(quán)限，明確劃分部門之間職責(zé)分工，完善行政運行機制；按照依法治國、依法行政的要求，加強行政體系的法制建設(shè)。
１９９８年改革的目的與目標(biāo)高度協(xié)調(diào)。推進社會主義市場經(jīng)濟發(fā)展是目的，盡快結(jié)束專業(yè)經(jīng)濟部門直接管理企業(yè)的體制是目標(biāo)。１９９８年改革歷史性的進步是，政府職能轉(zhuǎn)變有了重大進展，其突出體現(xiàn)是撤銷了幾乎所有的工業(yè)專業(yè)經(jīng)濟部門，共１０個：電力工業(yè)部、煤炭工業(yè)部、冶金工業(yè)部、機械工業(yè)部、電子工業(yè)部、化學(xué)工業(yè)部、地質(zhì)礦產(chǎn)部、林業(yè)部、中國輕工業(yè)總會、中國紡織總會。這樣，政企不分的組織基礎(chǔ)在很大程度上得以消除。眾多的工業(yè)專業(yè)經(jīng)濟部門是計劃經(jīng)濟時代的產(chǎn)物，在當(dāng)時的歷史條件下，這些工業(yè)專業(yè)經(jīng)濟部門可以說是資源配置的載體，是落實經(jīng)濟計劃的依托。但是在建立社會主義市場經(jīng)濟體制的過程中，這類部門的存在不利于充分發(fā)揮市場在資源配置中的基礎(chǔ)作用，不利于充分發(fā)揮企業(yè)的微觀經(jīng)濟主體地位。在一定意義上說，撤銷工業(yè)專業(yè)經(jīng)濟部門就是取消了國家與企業(yè)之間的“二道販子”，消除了政企不分的組織堡壘。
根據(jù)改革方案，國務(wù)院不再保留的有１５個部、委。包括：電力工業(yè)部、煤炭工業(yè)部、冶金工業(yè)部、機械工業(yè)部、電子工業(yè)部、化學(xué)工業(yè)部、國內(nèi)貿(mào)易部、郵電部、勞動部、廣播電影電視部、地質(zhì)礦產(chǎn)部、林業(yè)部、國家體育運動委員會、國防科學(xué)技術(shù)工業(yè)委員會（組建新的國防科學(xué)技術(shù)工業(yè)委員會，將原國防科工委管理國防工業(yè)的職能、國家計委國防司的職能以及各軍工總公司承擔(dān)的政府職能，統(tǒng)歸新組建的國防科學(xué)技術(shù)工業(yè)委員會管理）、國家經(jīng)濟體制改革委員會（為了加強國務(wù)院對經(jīng)濟體制改革工作的領(lǐng)導(dǎo)，國家經(jīng)濟體制改革委員會改為國務(wù)院高層次的議事機構(gòu)，總理兼主任，有關(guān)部長任成員，不再列入國務(wù)院組成部門序列）。
新組建的有４個部、委：國防科學(xué)技術(shù)工業(yè)委員會、信息產(chǎn)業(yè)部、勞動和社會保障部、國土資源部。
更名的有３個部、委：國家計劃委員會更名為國家發(fā)展計劃委員會；科學(xué)技術(shù)委員會更名為科學(xué)技術(shù)部；國家教育委員會更名為教育部。
保留的有２２個部、委、行、署：外交部、國防部、國家經(jīng)濟貿(mào)易委員會、民族事務(wù)委員會、公安部、國家安全部、監(jiān)察部、民政部、司法部、財政部、人事部、建設(shè)部、鐵道部、交通部、水利部、農(nóng)業(yè)部、對外貿(mào)易經(jīng)濟合作部、文化部、衛(wèi)生部、國家計劃生育委員會、中國人民銀行、審計署。
改革后除國務(wù)院辦公廳外，國務(wù)院組成部門由原有的４０個減少到２９個。包括國家政務(wù)部門１２個：外交部、國防部、文化部、衛(wèi)生部、國家計劃生育委員會、國家民族事務(wù)委員會、民政部、司法部、公安部、國家安全部、監(jiān)察部、審計署；宏觀調(diào)控部門４個：國家發(fā)展計劃委員會、國家經(jīng)濟貿(mào)易委員會、財政部、中國人民銀行；專業(yè)經(jīng)濟管理部門８個：建設(shè)部、鐵道部、交通部、信息產(chǎn)業(yè)部、水利部、農(nóng)業(yè)部、對外貿(mào)易經(jīng)濟合作部、國防科學(xué)技術(shù)工業(yè)委員會；教育科技文化、社會保障和資源管理部門５個：教育部、科學(xué)技術(shù)部、人事部、勞動和社會保障部、國土資源部。
從１９９８年開始，國務(wù)院機構(gòu)改革首先進行，隨后中共中央各部門和其它國家機關(guān)及群眾團體的機構(gòu)改革陸續(xù)展開；１９９９年以后，省級政府和黨委的機構(gòu)改革分別展開；２０００年，市縣鄉(xiāng)機構(gòu)改革全面啟動。截至２００２年６月，經(jīng)過四年半的機構(gòu)改革，全國各級黨政群機關(guān)共精簡行政編制１１５萬人。
