在國家科技支撐計(jì)劃的支持下，我國良種繁育新技術(shù)研究與畜禽品種選育核心群建設(shè)發(fā)展迅速，已選育出多個(gè)重要畜禽水產(chǎn)新品種。
將分子標(biāo)記輔助選擇技術(shù)、牛羊Ｘ/Ｙ精子分離育種技術(shù)、幼畜體外胚胎生產(chǎn)技術(shù)、牛羊高效排卵控制技術(shù)以及公畜精液長效保存技術(shù)等多種技術(shù)進(jìn)行集成創(chuàng)新，建立了牛羊高效選育技術(shù)和快速擴(kuò)繁技術(shù)兩大技術(shù)體系。初步構(gòu)建了優(yōu)質(zhì)、穩(wěn)定的體細(xì)胞庫，為轉(zhuǎn)基因動物育種、體細(xì)胞核移植，以及干細(xì)胞研究提供優(yōu)質(zhì)的細(xì)胞材料，形成完備的卵母細(xì)胞培養(yǎng)、保存平臺，建立牛、羊、豬的新鮮卵母細(xì)胞體外成熟培養(yǎng)體系，獲得國內(nèi)首例冷凍卵母細(xì)胞體外受精犢牛，填補(bǔ)了國內(nèi)空白。
通過奶牛生產(chǎn)性能測定、體型外貌鑒定、青年公牛后裔測定等登記中國荷斯坦奶牛頭數(shù)達(dá)10.1萬頭，性能測定總頭數(shù)達(dá)到87980頭。選出了56頭有后裔測定成績的優(yōu)秀種公牛，選育出核心群種子母牛1000頭。通過收集生產(chǎn)性能和DNA樣品，確認(rèn)了ABCG2、OPN和PRLR等8個(gè)影響乳蛋白含量的新功能基因及其多態(tài)性位點(diǎn)遺傳標(biāo)記，組建了高蛋白系核心種子母牛群，選育出10頭高乳蛋白系公牛。開展了三河牛和新疆褐牛的品種資源調(diào)查，建立了11000頭三河牛的登記數(shù)據(jù)庫，形成100頭核心群、10000頭擴(kuò)繁群的模式；形成了規(guī)模為700頭（成母牛）的新疆褐牛育種核心群。應(yīng)用肉牛線性評分方法，對魯西牛肉根據(jù)體型外貌對基礎(chǔ)牛群做出個(gè)體選配計(jì)劃，組建秦川肉牛開放育種核心群和紅安格斯牛育種核心群。
利用我國東北民豬、萊蕪豬、淮豬、清平豬、藏豬、北京黑豬、榮昌豬、撒壩豬8個(gè)優(yōu)良地方品種資源選育配套系（品系），從繁殖、肉質(zhì)、生產(chǎn)等性能和飼料轉(zhuǎn)化率等對作為母系的8個(gè)地方品種進(jìn)行了測定。通過對褐殼蛋雞和白殼蛋雞純系進(jìn)行持續(xù)選育改良，形成了2個(gè)各具特色的優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)蛋雞新品種（配套系）。新培育的白羽肉鵝新品系具有繁殖性能優(yōu)良、早期生長速度快、成年或上市時(shí)全身羽毛純白等優(yōu)點(diǎn)，既適合產(chǎn)業(yè)化肉鵝生產(chǎn)企業(yè)和各種肉鵝生產(chǎn)者，也可用于羽絨生產(chǎn)或兼顧羽絨生產(chǎn)。
在水產(chǎn)新品系選育方面，建立了49個(gè)尼羅羅非魚家系，鯉F2選育家系81個(gè)和對照家系19個(gè)，牙鲆半同胞家系和全同胞家系63個(gè)，大菱鲆28個(gè)父系半同胞家系，64個(gè)母系全同胞家系。建立了中國對蝦48個(gè)全同胞家系，其中包括7個(gè)半同胞家系，4個(gè)F2代家系；篩選出抗高氨氮的家系13個(gè)，抗高pH的家系16個(gè)。建立斑節(jié)對蝦同胞家系44個(gè)、半同胞家系22個(gè)。建立了35個(gè)青蝦家系，培育了75個(gè)凡納濱對蝦抗WSSV家系。獲得了馬氏珠母貝8個(gè)家系和1個(gè)選育群體。
在牧草、特種動物新品種選育方面，進(jìn)行了優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)抗逆苜蓿和飼料作物新品種選育，培育出牧草新品種科爾沁尖葉胡枝子，2006年通過牧草新品種審定。創(chuàng)制了家蠶抗NPV病毒、天然綠色繭、低練減率品種3個(gè)育種素材，選育了長絲長高品位生絲三眠蠶品種“蘇科×四季”，確定了適合于夏秋季飼養(yǎng)的家蠶品種雜交組合4個(gè)；選育出優(yōu)質(zhì)、高產(chǎn)、適合條桑收獲的桑樹品種2個(gè)，在江蘇、浙江、內(nèi)蒙古等?。▍^(qū)）進(jìn)行了中試種植。對高癸烯酸蜜蜂種群進(jìn)行了篩選和閉鎖繁育，已完成核心群60群，癸稀酸含量超過1.8%。
