國家863計(jì)劃現(xiàn)代農(nóng)業(yè)技術(shù)領(lǐng)域進(jìn)一步完善了水稻和家蠶的功能基因組研究技術(shù)平臺，在保持我國基因組研究國際地位的同時(shí)，提升了競爭能力。
我國在國際上較早地啟動了水稻功能基因組研究項(xiàng)目，“十一五”期間繼續(xù)大規(guī)模開展水稻功能基因組研究，完善已創(chuàng)建的水稻大型突變體庫，建立了水稻全生育期、逆境、低氮、低磷等條件脅迫的全基因組表達(dá)譜，成功研制出水稻全基因組的覆瓦式（Tiling）芯片，進(jìn)一步提升我國水稻功能基因組研究的整體水平和國際地位，使我國水稻功能基因組研究在國際上形成了明顯優(yōu)勢。同時(shí)作為植物基因組研究的模式植物，水稻功能基因組研究平臺的完善將帶動其它作物如小麥、玉米、棉花、油菜、大豆、花生等作物的功能基因組研究，全面提升我國在作物基因組和遺傳改良領(lǐng)域的創(chuàng)新能力，為農(nóng)作物品種遺傳改良提供技術(shù)儲備和基因資源。
在“十五”家蠶功能基因組研究平臺的基礎(chǔ)上，成功設(shè)計(jì)并制作了世界上第一張家蠶的全基因組oligo芯片，共包括22987條基因探針。利用芯片對5齡3天家蠶的精巢、卵巢、絲腺（前中部絲腺、后部絲腺）、表皮、血液、馬氏管、中腸、脂肪體進(jìn)行了表達(dá)譜分析，初步發(fā)現(xiàn)了一些與吐絲、免疫防御、變態(tài)發(fā)育等過程有關(guān)的起重要作用的基因，這些基因的發(fā)現(xiàn)為進(jìn)一步分析家蠶性別決定、抗性、絲蛋白合成等重要性狀相關(guān)的功能基因提供了重要信息。同時(shí)，基本建成了收集數(shù)據(jù)最多、各種檢索功能齊備的家蠶功能基因組研究信息平臺。初步建立了以piggyBAC轉(zhuǎn)座子為載體、顯微注射為手段，各種化性品種為受體的高效家蠶轉(zhuǎn)基因技術(shù)體系，為家蠶功能基因組研究和家蠶育種材料創(chuàng)新打下了良好的基礎(chǔ)。
