根據《知識產權海關保護條例》，海關對知識產權的保護分為依申請保護和依職權保護兩種模式。兩種模式的差異主要體現(xiàn)在海關介入的程度和權利人承擔的義務有很大的差異。
（一）依申請保護
依申請保護，是指海關對根據知識產權權利人的申請發(fā)現(xiàn)的侵權嫌疑貨物予以扣留的措施。依申請保護有以下特征：
（1）知識產權權利人發(fā)現(xiàn)侵權嫌疑貨物后可以直接向口岸海關申請扣留，不必事先將其知識產權向海關總署備案；
（2）海關不負責對侵權嫌疑貨物的進出境進行監(jiān)控；
（3）知識產權權利人應當向海關提供相當于侵權嫌疑貨物價值的擔保；
（3）海關無權對貨物的侵權狀況進行調查。海關扣留侵權嫌疑貨物后，知識產權權利人應當向人民法院申請司法扣押。如果人民法院未能在海關扣留貨物后20個工作日內通知海關協(xié)助扣押，海關應當放行被扣留的貨物。
可見，依申請保護模式與世界貿易組織《與貿易有關的知識產權協(xié)議》中關于海關中止放行的規(guī)定基本一致。由于在依申請保護模式下，海關不會主動采取制止侵權貨物進出口的措施，所以，依申請保護模式也被稱作“被動保護”模式。
（二）依職權保護
依職權保護，是指海關在對進出口貨物的監(jiān)管過程中，對其發(fā)現(xiàn)的侵犯知識產權的進出口貨物主動采取的扣留和調查處理的措施?！耙缆殭唷币辉~來源于《與貿易有關的知識產權協(xié)議》中的拉丁文ex-officio。依據職權保護有以下特征：
（1）知識產權權利人應當事先將其知識產權向海關總署備案；
（2）海關發(fā)現(xiàn)涉嫌侵犯備案知識產權的進出口貨物，應當中止放行，并書面通知有關知識產權權利人；
（3）知識產權權利人要求海關扣留侵權嫌疑貨物的，應當在3個工作日內提出申請；
（4）知識產權權利人向海關提供的擔保最高不超過人民幣10萬元；
（5）海關有權對貨物的侵權狀況進行調查和認定；對不能認定貨物侵權狀況的，海關應當通知知識產權權利人向人民法院申請司法扣押；
（6）海關對其認定侵權的貨物，有權予以沒收并對侵權貨物的收發(fā)貨人給予行政處罰。對構成犯罪的還應當向公安機關移送；
（7）對沒收的侵權貨物，海關有權依法進行處置。
在依職權保護模式下，海關有權主動采取制止侵權貨物進出口的措施，所以，依職權保護模式也被稱作“被動保護”模式。
