20世紀(jì)80年代初，為推動(dòng)我國(guó)科技體制改革，變革科研經(jīng)費(fèi)撥款方式，中國(guó)科學(xué)院89位院士(學(xué)部委員)致函黨中央、國(guó)務(wù)院，建議設(shè)立面向全國(guó)的自然科學(xué)基金，得到黨中央、國(guó)務(wù)院的首肯。隨后，在小平同志的親切關(guān)懷下，國(guó)務(wù)院于1986年2月14日批準(zhǔn)成立國(guó)家自然科學(xué)基金委員會(huì)（簡(jiǎn)稱“自然科學(xué)基金委”）。
自然科學(xué)基金委是管理國(guó)家自然科學(xué)基金的國(guó)務(wù)院直屬事業(yè)單位。自成立以來(lái)，在黨中央的關(guān)懷下，在國(guó)務(wù)院的正確領(lǐng)導(dǎo)和國(guó)務(wù)院有關(guān)部門及全國(guó)科學(xué)家的支持下，科學(xué)基金工作突破了計(jì)劃經(jīng)濟(jì)體制下科研經(jīng)費(fèi)依靠行政撥款的傳統(tǒng)管理模式和管理理念，全面引入和實(shí)施了先進(jìn)的科研經(jīng)費(fèi)資助模式，確立了“依靠專家、發(fā)揚(yáng)民主、擇優(yōu)支持、公正合理”的評(píng)審原則，建立了“科學(xué)民主、平等競(jìng)爭(zhēng)、鼓勵(lì)創(chuàng)新”的運(yùn)行機(jī)制，建立健全了決策、執(zhí)行、監(jiān)督、咨詢相互協(xié)調(diào)的科學(xué)基金管理體系，形成了“公正、奉獻(xiàn)、團(tuán)結(jié)、創(chuàng)新”的委風(fēng)，充分發(fā)揮了自然科學(xué)基金對(duì)我國(guó)基礎(chǔ)研究的“導(dǎo)向、穩(wěn)定、激勵(lì)”的功能，不斷發(fā)展完善以學(xué)科體系為框架，價(jià)值評(píng)議和績(jī)效評(píng)估為依據(jù)的管理體系并制訂了一整套的自然科學(xué)基金管理辦法。同時(shí)，按照新時(shí)期我國(guó)科技工作的原則、方針和思路，根據(jù)全面建設(shè)小康社會(huì)的戰(zhàn)略需求，從國(guó)家創(chuàng)新體系建設(shè)的總體部署出發(fā)，確定了自然科學(xué)基金在國(guó)家創(chuàng)新體系中的戰(zhàn)略定位：“支持基礎(chǔ)研究，堅(jiān)持自由探索，發(fā)揮導(dǎo)向作用”。
自然科學(xué)基金堅(jiān)持支持基礎(chǔ)研究，形成和發(fā)展了“項(xiàng)目”與“人才”兩大資助板塊：建立了以面上、重點(diǎn)、重大項(xiàng)目三個(gè)層次為主、一系列專項(xiàng)基金相互配合銜接的項(xiàng)目資助格局；通過(guò)實(shí)施吸引與培養(yǎng)優(yōu)秀青年科技人才戰(zhàn)略，架構(gòu)了以國(guó)家基礎(chǔ)科學(xué)人才培養(yǎng)基金、青年科學(xué)基金、國(guó)家杰出青年科學(xué)基金、創(chuàng)新研究群體科學(xué)基金構(gòu)成的較為完整的人才培養(yǎng)資助體系。國(guó)家財(cái)政對(duì)自然科學(xué)基金的投入不斷增長(zhǎng)，從1986年的8000萬(wàn)元起步已增長(zhǎng)到2005年的26.95億元，較大地改善了自然科學(xué)基金的資助環(huán)境，項(xiàng)目資助強(qiáng)度穩(wěn)步提高。同時(shí)，科學(xué)基金工作緊緊圍繞實(shí)施源頭創(chuàng)新戰(zhàn)略，切實(shí)推進(jìn)營(yíng)造創(chuàng)新環(huán)境、凝聚優(yōu)秀人才和培育創(chuàng)新文化三大計(jì)劃，推出了一系列新的舉措，在完善和發(fā)展科學(xué)基金制的實(shí)踐中又取得了新的成績(jī)。
十幾年來(lái)，自然科學(xué)基金在推動(dòng)我國(guó)自然科學(xué)基礎(chǔ)研究的發(fā)展，促進(jìn)基礎(chǔ)學(xué)科建設(shè)，發(fā)現(xiàn)、培養(yǎng)優(yōu)秀科技人才等方面取得了巨大成績(jī)；為提升基礎(chǔ)研究創(chuàng)新能力進(jìn)行了有益的探索，積累了寶貴的經(jīng)驗(yàn)，為我國(guó)基礎(chǔ)研究的發(fā)展和整體水平的提高作出了積極貢獻(xiàn)。
本世紀(jì)頭20年是我國(guó)經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展的重要戰(zhàn)略機(jī)遇期，也是我國(guó)科學(xué)技術(shù)發(fā)展的重要戰(zhàn)略機(jī)遇期。自然科學(xué)基金委將牢牢把握戰(zhàn)略機(jī)遇期，樹(shù)立和落實(shí)科學(xué)發(fā)展觀，弘揚(yáng)科學(xué)基金工作優(yōu)良傳統(tǒng)；按照“尊重科學(xué)，發(fā)揚(yáng)民主，提倡競(jìng)爭(zhēng)，促進(jìn)合作，激勵(lì)創(chuàng)新，引領(lǐng)未來(lái)”的新時(shí)期工作方針，繼續(xù)深入實(shí)施科教興國(guó)、人才強(qiáng)國(guó)和可持續(xù)發(fā)展三大戰(zhàn)略，發(fā)揚(yáng)求真務(wù)實(shí)的精神，堅(jiān)持以創(chuàng)新能力建設(shè)為主線，以培養(yǎng)和造就大批創(chuàng)新人才為核心，以創(chuàng)新環(huán)境建設(shè)為重點(diǎn)，以機(jī)制和體制創(chuàng)新為保障，不斷完善和發(fā)展科學(xué)基金制，努力提高科學(xué)基金管理工作水平，為迅速提高我國(guó)的原始性創(chuàng)新能力，實(shí)現(xiàn)全面建設(shè)小康社會(huì)的奮斗目標(biāo)作出應(yīng)有的貢獻(xiàn)。
