我國污染防治的重點流域包括"三河三湖"、南水北調(diào)水源及沿線、三峽庫區(qū)和松花江等地區(qū)。近年來國家對重點流域污染防治的投入不斷增加，主要污染物排放總量繼續(xù)降低，部分河湖水質(zhì)有所改善。但是從總體上看，重點流域主要污染物排放明顯超過環(huán)境容量，部分治污工程建設(shè)和運營還存在一些問題，水污染防治形勢仍然十分嚴峻。
重點流域污染防治的總體目標是：主要飲用水水源地、跨省界斷面水環(huán)境質(zhì)量明顯改善，重點工業(yè)企業(yè)實現(xiàn)全面穩(wěn)定達標排放，城鎮(zhèn)污水處理水平顯著提高，水污染物排放總量得到有效控制，流域水環(huán)境監(jiān)管及水污染預警和應急處置能力顯著增強。
加強重點流域污染防治的主要措施包括以下幾個方面：
第一，加快城鎮(zhèn)污水處理設(shè)施建設(shè)。對規(guī)劃確定的治污項目，尚未開工的抓緊開工，正在建設(shè)的加快施工進度，已經(jīng)建成的盡快投入運行，不斷提高城鎮(zhèn)污水處理率。加強城鎮(zhèn)污水收集管網(wǎng)建設(shè)，提高深度處理能力。城鎮(zhèn)污水收集管網(wǎng)原則上應與污水處理廠同步建設(shè)。在老城改造和新城建設(shè)中，都要優(yōu)先考慮污水管網(wǎng)建設(shè)。在重點湖泊流域地區(qū)，新建、改建、擴建的城鎮(zhèn)污水處理廠，要配套建設(shè)脫氮、除磷設(shè)施。提高城鎮(zhèn)污水處理費征收標準，促進城鎮(zhèn)污水處理設(shè)施建設(shè)運營。強化監(jiān)督管理，保證污水處理設(shè)施達標運行。
第二，進一步加強工業(yè)污染防治。在重點流域地區(qū)，實行最嚴格的排污總量控制措施，根據(jù)水環(huán)境容量，逐年削減排污總量，不斷提高工業(yè)企業(yè)污染防治水平。對工業(yè)企業(yè)污染治理情況進行評估檢查，對不能穩(wěn)定達標排放的企業(yè)，實行限期整改。全面推行排污許可證制度，排污單位持證排污，環(huán)保部門依證管理。對造紙、化工、印染、釀造等重點行業(yè)的重點污染企業(yè)，限期安裝在線監(jiān)測裝置，并與環(huán)保部門聯(lián)網(wǎng)，做到實時監(jiān)控。進一步淘汰落后的技術(shù)、工藝、設(shè)備和污染嚴重的企業(yè)。實施重點排污企業(yè)公告制度，定期公布污染嚴重企業(yè)名單，監(jiān)督達標排放。
第三，加強農(nóng)業(yè)農(nóng)村污染治理。目前，農(nóng)業(yè)農(nóng)村污染已經(jīng)占到水污染的三分之一以上，"三湖"中約50％的總氮和總磷來自面源污染。為了控制農(nóng)村面源污染，重點流域地區(qū)嚴格控制畜禽養(yǎng)殖污染。大力推廣生態(tài)養(yǎng)殖模式，鼓勵畜禽糞便的綜合利用。根據(jù)土地容量確定養(yǎng)殖規(guī)模，采取回田利用等方式減少污染。調(diào)整漁業(yè)生產(chǎn)布局和品種結(jié)構(gòu)，減輕漁業(yè)養(yǎng)殖對水體的污染。在飲用水水源保護區(qū)、水污染嚴重超標地區(qū)，禁止規(guī)?；笄蒺B(yǎng)殖和漁業(yè)養(yǎng)殖。科學施用農(nóng)藥和化肥，在重點流域江河湖泊毗鄰地區(qū)，大力提倡科學使用農(nóng)藥、化肥，盡量減少農(nóng)藥、化肥的施用量。對農(nóng)用薄膜、生長調(diào)節(jié)素，也要控制使用。大力發(fā)展生態(tài)農(nóng)業(yè)、有機農(nóng)業(yè)，建立綠色食品和有機食品基地，提高農(nóng)產(chǎn)品安全標準。加大生活、生產(chǎn)污染治理力度，推進農(nóng)村環(huán)境綜合整治，積極推行改水改廁，加快沼氣等可再生能源的推廣應用，禁止將污水和垃圾倒入河、湖、溝、渠。重視保護城鄉(xiāng)飲用水源，在一級保護區(qū)內(nèi)，禁止旅游和畜禽、水產(chǎn)養(yǎng)殖活動，禁止一切排污行為。
第四，深入開展環(huán)保專項整治行動。定期開展環(huán)保專項整治行動，把嚴重排放污水的行為作為治理重點，推進重點流域水污染防治工作，讓人民群眾喝上干凈的水，呼吸上清潔的空氣，吃上放心的食品，在良好的環(huán)境中生產(chǎn)生活。堅決關(guān)閉威脅飲用水源地安全的嚴重污染企業(yè)，嚴格監(jiān)督城鎮(zhèn)污水和垃圾處理廠的污染排放，化解由于水環(huán)境污染而損害群眾利益的突出矛盾。嚴格市場準入，按照環(huán)保法律法規(guī)的要求，依法處理違規(guī)建設(shè)項目。嚴格建設(shè)項目環(huán)境管理，合理控制新開工項目。加強對造紙、化工、印染、釀造、畜禽養(yǎng)殖等高污染行業(yè)的監(jiān)管，降低流域水環(huán)境污染負荷。采取更加嚴格的措施控制重點流域排污總量，嚴肅查處典型違法案件，嚴厲懲處破壞水環(huán)境的違法行為。研究制定更嚴厲的環(huán)保法律法規(guī)和標準，加大對環(huán)境違法行為的處罰力度，建立污染事件責任追究制度。
第五，加強對重點流域水污染防治的組織領(lǐng)導。重點流域水污染防治的主要責任在地方，各級地方政府確保認識到位、責任到位、措施到位、投入到位。有關(guān)地方政府應加強對重點流域水污染防治工作的組織領(lǐng)導，落實省、市、縣長責任制，明確工作目標、任務和措施，加強督促檢查，及時解決影響工作進度的突出問題。要完善政績考核機制，把任期內(nèi)當?shù)丨h(huán)境質(zhì)量變化、環(huán)保法律法規(guī)執(zhí)行和環(huán)境基礎(chǔ)建設(shè)運營等情況，作為干部政績考核的重要指標。國務院各有關(guān)部門應密切協(xié)作，聯(lián)合治污，履行職責，支持和指導重點流域各地水污染治理工作。環(huán)境保護主管部門應加強水環(huán)境執(zhí)法監(jiān)督和統(tǒng)一監(jiān)管。要搞好宣傳教育，及時通報重點流域水質(zhì)狀況，統(tǒng)一發(fā)布重點流域、海域環(huán)境信息。公開環(huán)境質(zhì)量、環(huán)境管理和企業(yè)污染治理等信息，公布污染防治工作檢查情況，支持新聞媒體監(jiān)督環(huán)保工作，引導社會公眾和社團組織更好地參與環(huán)境保護事業(yè)。實行重大環(huán)境決策和項目征求群眾意見的做法，認真處理群眾關(guān)于環(huán)境的來信來訪，切實維護廣大人民群眾的環(huán)境權(quán)益。
